Det basale tre-split går mellem arkebakterierne og bakterierne – begge grupper prokaryoter uden cellekerne – og eukayoterne med cellekerne.
Det eukaryote domæne er så igen opdelt i de fem riger Chromista, Plantae (planteriget), Protozoa (protozoriget), Fungi (svamperiget) og Animalia (dyreriget).
Den fundamentale forskel på rigerne er at de er opstået ved forskellige endosymbioser. Da den første protozo blev dannet for over 1 milliard år siden, skete det ved at en simpel eukatyot celle optog en bakterie, der kunne ånde. Denne åndende bakterie blev til eukaryoternes mitokondrier, se A på stamtræet.
Mitokondrie-endosymbiosen skete flere gange med det resultat at grupperne protozoer, chromister, planter-dyr-svampe har forskellige typer af mitokondrier.
Senere skete en lignenede endosymbiose mellem encellede eukaryoter og cyanobakterier, sådan at cyanobakterier (der kan lave fotosyntese) blev planternes grønkorn (kloroplaster), se B på stamtræet.
Endnu senere optog visse protozoer og chromister encellede grønalger som endosymbionter, sådan at evnen til fotosyntese spredtes til disse to riger, se C på stamtræet.
På grund af den endosymbiotiske oprindelse af mitokondrier og kloroplaster er disse omgivet af dobbelte plasmamembraner, både fra dem selv og fra cellen de invaderede. De har også deres eget DNA.
